关于谁是战争的责任人和赔偿的问题
但即使是这样，向联合国投降的决定，对于日本政府来说也是一个非常艰难的事情。1945年7月，联合国向日本提出了声明投降条件的《波茨坦公告》，日本宣布接受该公告投降。但军方认为投降会造成日本被分割，因而强烈反对，并且在天皇做出投降的决定后，还曾试图进行武装政变。此外，作为附加条件，日本提出"维持现有国体（国家体制）"，即维持以天皇为顶点的权力结构，而联合国方面对此没有做出明确的回答。

但是，美国占领军既没有处决天皇，也没有流放，其后的远东军事法庭也没有审判天皇。这是为什么呢？对此没有明确的说法，不过如果没有以天皇名义发出命令，也许残留在亚洲各地的日本军队不会停止战斗，军队也不会同意解散。而且从日本的统治阶级来看，保留对自己十分有利的以天皇为顶点的权力结构，简直是意外的惊喜，而这种体制，也将阻止从战前就逐渐强大的共产主义势力争夺政权。战争结束一年后公布的新宪法中，天皇被剥夺了所有的政治权限，和英国国王一样，仅保留象征性地位，这也防止了由于每隔几年就出现国家权力象征的交替演变可能造成的政体不稳。

这样一种现状对日本来说同时具有正面和负面的双重意义。从正面来看，避免了政治方面的巨大变动。从负面来看，例如德国，战争的责任全部归结在纳粹身上，生活在现代的德国人则被免除了所有责任，而日本由于战前的部分政体一直维持至今，战争责任难以归结到其他人身上。

即便如此，日本的战争责任最终还是以1946年5月进行的"远东军事法庭"上，7名被判有罪死刑，16名被判终身监禁的方式明确了下来。但其罪名适用了"违反和平罪""违反人道罪"等战前国际法中尚未确立的概念，至今仍有日本人质疑该审判的有效性。当时的远东军事法庭上，印度的拉达宾诺德•巴尔（Radhabinod Pal）法官就曾提出过异议，并主张所有被告无罪。
除远东军事法庭以外，海外等由战胜国一方进行审判的结果，有近1000名日本军人和非军人被判死刑。这些在法律程序方面也都不够充分。但日本政府通过1951年签署的旧金山和约承认了这些判决结果。

此外，这个旧金山和约还确定了对日本海外财产的接收。这些财产接收是作为战争赔偿的一个组成部分进行的。由于第一次世界大战后，德国被其背负的巨额赔款压垮了经济，并成为导致纳粹势力抬头和引发第二次世界大战的原因。正是基于这样的认识，将接收战败国的海外财产视为战争赔偿。

1951年签署的旧金山和约第14条I款第2项体现了这样的认识，规定"对于以下所列的所有财产、权利及利益，各联盟国在本和约生效时即拥有对其管辖下的财产、权利及利益进行扣留、扣押、清算以及用任何方法进行处理的权利：(a)日本及日本国民；(b)日本或日本国民的代理人、代表；以及(c)日本或日本国民所拥有或控制的团体"。

中华人民共和国未承认该和约，但1972年中日邦交正常化时签署的联合声明第五项表示："中华人民共和国政府宣布：为了中日两国人民的友好，放弃对日本国的战争赔偿要求。"
日本留在中国大陆的工厂、铁路和住宅等财产，东北地区达到1465.32亿，华北为554.37亿，华中华南为367.18亿，合计为2386亿日元，大约相当于现在的24万亿日元（合人民币1.4万亿元）。第二次世界大战后西德表示"到德国重新统一以前搁置赔偿问题"，即与日本一样，将海外财产的无偿提供视为实质上的赔偿。